Fundada em 26 de maio de 1998, por iniciativa do Hospital Mãe de Deus e seu Corpo Clínico com o objetivo de atuar nas relações médicas e hospitalares, junto às operadoras dos planos de saúde.

Em junho de 2002, eleita a terceira administração da entidade, é colocado em prática um novo modelo societário. A AMEMD passa a ter características administrativas, jurídicas e tributárias diferenciadas em relação a sua constituição inicial, voltada para intermediar, negociar, elaborar contrato próprio e atuar fortemente na valorização das responsabilidades entre médicos, hospital e operadoras. A Associação dos Médicos do Hospital Mãe de Deus atua com um modelo de gestão inédito no país, no formato de uma Sociedade em Contas de Participação (SCP), onde cada um dos 840 sócios em 43 especialidades tem garantida sua individualidade. Para a atual administração estas modificações colocam a AMEMD num patamar diferenciado como prestadora de serviços onde o produto é o próprio médico. Com a efetivação de todos os planos e metas estruturados através de um planejamento racional dentro da atividade , existe a convicção de que um novo momento será vivenciado pela classe médica amparada pela experiência inovadora que está sendo viabilizada pela AMEMD.